עקירה זו מתבצעת בשיניים שלא קל לראות אותן או להגיע אליהן; שיניים שנשברו בקו החניכיים או שיניים שלא צמחו באופן מלא.
עקירות כירורגיות דורשות מן הסתם הליך כירורגי, כגון הסרת עצם, הסרה ו/או הרמה וקיפול לאחור של כל או חלק מרקמת החניכיים, על מנת לחשוף או לפצל את השן.
ישנם מקרים שדורשים מאמץ כירורגי רב יותר. לדוגמה, רקמת חניכיים ו/או עצם שמכסים או מקיפים את השן באופן שמקשה על הרופא את הגישה לשן.
לכן חשוב לעבור זאת אצל מומחה חניכיים או כירורג פה ולסת.